Luken johtokunnan tehtävänä on tukea Luken johdon toimintaa, tehdä aloitteita toiminnan strategiseksi suuntaamiseksi sekä edistää yhteistyötä sidosryhmien kanssa. Luken johtokunta päättää esimerkiksi viraston talousarvioehdotuksesta, tilinpäätöksen hyväksymisestä sekä muista Luonnonvarakeskuksen kannalta laajakantoisista ja periaatteellisesti merkittävistä asioista, jotka pääjohtaja tai johtokunnan puheenjohtaja haluaa johtokunnan käsiteltäväksi.
Johtokunnan puheenjohtajana aloittaa johtaja Tuomas Salusjärvi Valiolta ja varapuheenjohtajana BSAG-säätiön perustaja, ympäristövaikuttaja Saara Kankaanrinta BSAG-säätiöstä. Muut jäsenet ovat johtaja Sauli Brander, UPM-Kymmene Oyj; toimittaja ja juontaja Mikko Peltola, Yleisradio Oy; johtaja Annika Wilhelmsson, Viking Malt Oy ja johtaja Riikka Joukio, Kesko Oyj. Lisäksi Luken henkilöstö valitsee keskuudestaan johtokuntaan henkilöstön edustajan.